200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中。云天是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找3张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。