《她和他的多元宇宙》讲述了一个跨越平行宇宙的奇幻爱情冒险故事。在报刊亭老板神秘漫画书的指引下，普通青年陈轩意外卷入多元宇宙的危机。来自宇宙的特工小溪为寻找失踪的“自己们”和被“熵”控制的赛博小溪，穿越时空来到陈轩所在的宇宙。陈轩在特工小溪和机器猫小k的帮助下，逐渐找回被封印的多元宇宙记忆，并觉醒了特殊能力。两人并肩作战，解除了赛博宇宙小溪的恨意，最终修复了宇宙间的量子纠缠，使各个宇宙恢复平衡。